Molby

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Molby は、画面上でグラフィカルに分子モデルを組み立てるソフトウェアです。Mac OS X と Windows で動作します。GAMESS, Gaussian などの計算化学ソフトウェアとの連携、組み込み Ruby インタプリタによる自動編集などの機能を持っています。

Molby はフリーソフトウェアです。ライセンスは GPLv3 です。

Molby をご利用の場合は、以下の論文の引用をお願いします。

Toshi Nagata, "Molby - Graphical Molecular Modeling Software with Integrated Ruby Interpreter,"
Bull. Chem. Soc. Jpn. 2014, 87, 902-904. DOI:10.1246/bcsj.20140093

お知らせ

2024/07/27

バージョン 1.2beta1 を公開しました。

• Win: 画面解像度の扱いを改善した。
• リスト表示で、結合長、結合角、二面角、improper torsion の値を名前の次に表示するようにした。
• ドキュメントの MM/MD 章を改訂した。
• UFF ダイアログで "Use present bond lengths and angles" オプションを実装した。
• "Clear MD Parameters" コマンドを実装した。
• リスト表示のマウス操作を改善した。
• wxWidgets のバージョンを 3.2.0 から 3.2.5 にした。
• プロジェクト Web ページをアップデートして、ダウンロードリンクが直接アクセスできるようにした。
• ライセンスと著作権表示を改訂した。
• プロジェクトを GitHub 管理に移行した。
• README を改訂した。
• ドキュメントを GPL v3 に改訂した。
• NBO 情報をロード／セーブできるようにした。
• MO Surface 表示を改善。
• JANPA を同梱した（テスト中）
• F/F7/G/G9 軌道の表示を実装した（テスト中）
• Ruby: call_subprocess メソッドに引数の配列を渡せるようにした。
• Win: コンソールを閉じてから分子ウィンドウを閉じるとクラッシュしていたのを改善。
• Show Energy Window の横軸を修正した。
• Ruby: hartree_to_kcal() および類似メソッドを実装した。
• Psi4 インポート／エキスポートを実装した（テスト中）
• スライダーによる回転で回転角を表示するようにした。15度の倍数でスナップするようにした。
• Script メニューの扱いを改善した。
• Xcode プロジェクトを改訂して MolbyMacLegacy をビルドできるようにした。

2023/08/08

プロジェクトを OSDN.net から GitHub へ移動しました。

2022/09/19

バージョン 1.1.0 を公開しました。このバージョンから、Mac のサポートは 10.12 以降となりました。10.6〜10.11 用には MolbyMacLegacy.app を当面提供します。

• バッチモードを実装した。Molby_command は提供しない。
• ドキュメントをアプリケーションに同梱した。Molby Help メニューコマンドから開ける。
• Windows: ドキュメントをダブルクリックした時のクラッシュを改善。
• Windows: エンコーティング違いによる意味不明なエラーを改善。
• CIF インポートを改善。新しい CIF ファイルが読めるようになった。
• ORTEP で温度因子が非正定値の場合に等方性温度因子で書くようにした。
• Concatenate Frames コマンドを実装した。
• GAMESS dialog: SADPOINT, IRC ランタイプを実装した。
• GAMESS ログからセクションをコピーする機能を実装した。
• wxWidgets 3.2 ベースに移行した。
• Windows and Mac: 高解像度ディスプレイをサポートした。
• リストウィンドウ（原子、結合など）の挙動を改善した。
• Ruby: open_auxiliary_window の API を変更した。デフォルトボタンを持たせるのはやめた。
• ソースコードを整理して、コンパイラ警告を大部分除去した。

2021/11/19

バージョン 1.0.2 を公開しました。

• UFF の設定ダイアログで、結合長・結合角パラメータが自動的に入るようになった。八面体・平面正方形構造の cis/trans も自動的に処理する。
• UFF のパラメータ編集時にクラッシュしていたのを修正。
• Windows: 画面のアップデートを改善。

[開発者向け]

• バージョン情報とドキュメントの更新処理を Mac 版のビルドの際に行うようにした。
• 同: ProgressDialog の扱いを改善。
• 同: サブプロセスの呼び出しを改善。

2019/08/17

バージョン 1.0 を公開しました。最初の正式版です！

• "About" ダイアログの表示を改良。
• ダブルクリックで構造式を入力する時、直前の入力を覚えておくようにした。
• 構造式で NO2, SO（スルホニル基）, SO3H を認識するようにした。
• Create GAMESS にオプションを追加。
• 等高面の表示がおかしかったので修正。
• Create MO Surface: デフォルトの不透明度を 0.8 から 0.6 に変更。
• 電子密度が非常に小さい (1e-100未満) 時に create cube が失敗していたので修正。
• Show MO Surface ダイアログに create cube ボタンを追加。
• 複数構造を持つ CIF ファイルが開けるようにした（複数のドキュメントが開く）

[Mac版]

• PowerPC と 32 bit Intel はサポートしない。64 bit Intel のみ。動作要件は 10.6 以上とする。
• アプリケーションアイコンに log ファイルをドラッグ＆ドロップしたときの不安定さを改善。
• スタートアップ時に、前回のファイルを読み込もうとしてクラッシュしていたのを修正。
• 修正済みのドキュメントファイルをクローズボックスで閉じる時にクラッシュしていたのを修正。

[Windows版]

• インストーラで 32bit/64bit の両方がインストールできるようにした（OS の仕様に合わせる）。zip アーカイブは 32bit と 64bit を別に用意する。
• Ruby ダイアログでテキストフィールドを使った時にエラーが出ていたのを修正。

[組み込みRuby]

• モーダルダイアログがときどきクラッシュしていたのを修正。
• from_dump が機能していなかったので修正。
• エラーダイアログ表示中はタイマー割り込みを止めるようにした。
• create_graphic を :poly で使用した時の法線ベクトルの取り扱いを改善。
• ドキュメントを整備。
• export_graphic コマンドで画像の横・縦サイズを指定できるようにした。
• cubegen で mo=0 を可能にした。これは「任意のベクトル」を意味する。

※ これ以前の更新は「更新履歴」をご覧ください。