以下のクラス／モジュール／例外が Molby 内蔵の Ruby インタプリタに組み込まれています。Kernel モジュールのメソッドは、通常の Ruby インタプリタと同様に組み込み関数のように使うことができます。その他のクラスと MolbyError 例外は Molby モジュールの下に定義されています。ただし、起動時に include Molby が呼び出されるため、Molby:: 接頭辞は必要ありません。
起動時には include Math も呼び出されるため、Math モジュールのメソッドや定数も接頭辞なしで使うことができます。
最も重要なクラスは Molecule なので、このドキュメントを最初に読むことをお勧めします。ここから必要に応じてリンクをたどっていけば、他のクラスがどのように定義され使われるかが理解しやすくなります。